fit lognorm to cdf data

Previous Topic Next Topic
 
classic Classic list List threaded Threaded
6 messages Options
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

fit lognorm to cdf data

PIKAL Petr
Dear all

I am struggling to fit data which form something like CDF by lognorm.

Here are my data:

proc <- c(0.9, 0.84, 0.5, 0.16, 0.1)
size <- c(0.144, 0.172, 0.272, 0.481, 0.583)
plot(size, proc, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1))
fit<-nls(proc~SSfpl(size, 1, 0, xmid, scal), start=list(xmid=0.2, scal=.1))
lines(seq(0,1,.01), predict(fit, newdata=data.frame(sito=seq(0,1,.01))), col=2)

I tried to fit with SSfpl, which is let say close but probably not enough. I tried to find how to fit lognorm CDF to my data but did not find an easy solution.

Before I start to invent wheel I ask for some hints. I thought about using optim together with plnorm or to feed nls with lognorm function but maybe somebody already solved such task.

Best regards
Petr

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.
______________________________________________
[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: fit lognorm to cdf data

Jeff Newmiller
* fitdistr?

* it seems unusual (to me) to fit directly to the data with lognormal... fitting a normal to the log of the data seems more in keeping with the assumptions associated with that distribution.
--
Sent from my phone. Please excuse my brevity.

On July 10, 2017 7:27:47 AM PDT, PIKAL Petr <[hidden email]> wrote:

>Dear all
>
>I am struggling to fit data which form something like CDF by lognorm.
>
>Here are my data:
>
>proc <- c(0.9, 0.84, 0.5, 0.16, 0.1)
>size <- c(0.144, 0.172, 0.272, 0.481, 0.583)
>plot(size, proc, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1))
>fit<-nls(proc~SSfpl(size, 1, 0, xmid, scal), start=list(xmid=0.2,
>scal=.1))
>lines(seq(0,1,.01), predict(fit,
>newdata=data.frame(sito=seq(0,1,.01))), col=2)
>
>I tried to fit with SSfpl, which is let say close but probably not
>enough. I tried to find how to fit lognorm CDF to my data but did not
>find an easy solution.
>
>Before I start to invent wheel I ask for some hints. I thought about
>using optim together with plnorm or to feed nls with lognorm function
>but maybe somebody already solved such task.
>
>Best regards
>Petr
>
>________________________________
>Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou
>určeny pouze jeho adresátům.
>Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě
>neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho
>kopie vymažte ze svého systému.
>Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento
>email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
>Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou
>modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.
>
>V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
>- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření
>smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
>- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně
>přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky
>ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
>- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve
>výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
>- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za
>společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně
>zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly
>adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje,
>předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené
>známá.
>
>This e-mail and any documents attached to it may be confidential and
>are intended only for its intended recipients.
>If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its
>sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its
>copies from your system.
>If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not
>authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any
>manner.
>The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage
>caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the
>email.
>
>In case that this e-mail forms part of business dealings:
>- the sender reserves the right to end negotiations about entering into
>a contract in any time, for any reason, and without stating any
>reasoning.
>- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to
>immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer)
>excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient
>containing any amendment or variation.
>- the sender insists on that the respective contract is concluded only
>upon an express mutual agreement on all its aspects.
>- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to
>enter into any contracts on behalf of the company except for cases in
>which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such
>authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the
>person represented by the recipient, or the existence of such
>authorization is known to the recipient of the person represented by
>the recipient.
>______________________________________________
>[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
>https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
>PLEASE do read the posting guide
>http://www.R-project.org/posting-guide.html
>and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.

______________________________________________
[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: fit lognorm to cdf data

Peter Dalgaard-2
In reply to this post by PIKAL Petr
How about

proc <- c(0.9, 0.84, 0.5, 0.16, 0.1)
size <- c(0.144, 0.172, 0.272, 0.481, 0.583)
plot(size, proc, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1))
fit<-nls(proc~plnorm(size, log(xmid), sdlog, lower=FALSE), start=list(xmid=0.2, sdlog=.1))
summary(fit)
lines(fitted(fit)~size)

-pd

> On 10 Jul 2017, at 16:27 , PIKAL Petr <[hidden email]> wrote:
>
> Dear all
>
> I am struggling to fit data which form something like CDF by lognorm.
>
> Here are my data:
>
> proc <- c(0.9, 0.84, 0.5, 0.16, 0.1)
> size <- c(0.144, 0.172, 0.272, 0.481, 0.583)
> plot(size, proc, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1))
> fit<-nls(proc~SSfpl(size, 1, 0, xmid, scal), start=list(xmid=0.2, scal=.1))
> lines(seq(0,1,.01), predict(fit, newdata=data.frame(sito=seq(0,1,.01))), col=2)
>
> I tried to fit with SSfpl, which is let say close but probably not enough. I tried to find how to fit lognorm CDF to my data but did not find an easy solution.
>
> Before I start to invent wheel I ask for some hints. I thought about using optim together with plnorm or to feed nls with lognorm function but maybe somebody already solved such task.
>
> Best regards
> Petr
>
> ________________________________
> Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
> Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
> Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.
>
> V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
> - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.
>
> This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
> If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
> If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
> The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.
>
> In case that this e-mail forms part of business dealings:
> - the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
> - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
> - the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
> - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.
> ______________________________________________
> [hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.

--
Peter Dalgaard, Professor,
Center for Statistics, Copenhagen Business School
Solbjerg Plads 3, 2000 Frederiksberg, Denmark
Phone: (+45)38153501
Office: A 4.23
Email: [hidden email]  Priv: [hidden email]

______________________________________________
[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: fit lognorm to cdf data

PIKAL Petr
Hi

Great. I did not think that such combination is posssible.

Thanks.
Petr

> -----Original Message-----
> From: peter dalgaard [mailto:[hidden email]]
> Sent: Tuesday, July 11, 2017 1:11 AM
> To: PIKAL Petr <[hidden email]>
> Cc: [hidden email]
> Subject: Re: [R] fit lognorm to cdf data
>
> How about
>
> proc <- c(0.9, 0.84, 0.5, 0.16, 0.1)
> size <- c(0.144, 0.172, 0.272, 0.481, 0.583)
> plot(size, proc, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1))
> fit<-nls(proc~plnorm(size, log(xmid), sdlog, lower=FALSE), start=list(xmid=0.2,
> sdlog=.1))
> summary(fit)
> lines(fitted(fit)~size)
>
> -pd
>
> > On 10 Jul 2017, at 16:27 , PIKAL Petr <[hidden email]> wrote:
> >
> > Dear all
> >
> > I am struggling to fit data which form something like CDF by lognorm.
> >
> > Here are my data:
> >
> > proc <- c(0.9, 0.84, 0.5, 0.16, 0.1)
> > size <- c(0.144, 0.172, 0.272, 0.481, 0.583)
> > plot(size, proc, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1))
> > fit<-nls(proc~SSfpl(size, 1, 0, xmid, scal), start=list(xmid=0.2, scal=.1))
> > lines(seq(0,1,.01), predict(fit, newdata=data.frame(sito=seq(0,1,.01))), col=2)
> >
> > I tried to fit with SSfpl, which is let say close but probably not enough. I tried
> to find how to fit lognorm CDF to my data but did not find an easy solution.
> >
> > Before I start to invent wheel I ask for some hints. I thought about using
> optim together with plnorm or to feed nls with lognorm function but maybe
> somebody already solved such task.
> >
> > Best regards
> > Petr
> >
> > ________________________________
> > Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou
> určeny pouze jeho adresátům.
> > Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně
> jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze
> svého systému.
> > Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email
> jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> > Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi
> či zpožděním přenosu e-mailu.
> >
> > V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> > - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a
> to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> > - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout;
> Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s
> dodatkem či odchylkou.
> > - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným
> dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> > - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost
> žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo
> písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto
> emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich
> existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.
> >
> > This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are
> intended only for its intended recipients.
> > If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender.
> Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your
> system.
> > If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to
> use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
> > The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused
> by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.
> >
> > In case that this e-mail forms part of business dealings:
> > - the sender reserves the right to end negotiations about entering into a
> contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
> > - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately
> accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of
> the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
> > - the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an
> express mutual agreement on all its aspects.
> > - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into
> any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is
> expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of
> attorney is submitted to the recipient or the person represented by the
> recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the
> person represented by the recipient.
> > ______________________________________________
> > [hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> > PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-
> guide.html
> > and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
> --
> Peter Dalgaard, Professor,
> Center for Statistics, Copenhagen Business School
> Solbjerg Plads 3, 2000 Frederiksberg, Denmark
> Phone: (+45)38153501
> Office: A 4.23
> Email: [hidden email]  Priv: [hidden email]
>
>
>
>
>
>
>
>


________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.
______________________________________________
[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: fit lognorm to cdf data

PIKAL Petr
In reply to this post by Jeff Newmiller
Hi

I thought that fitdistr is used when I have original data, something like

dat <- rlnorm(1000)

but I have just five values (proc, size) as showed in my example. Actually those data are similar like results from sieving for which I can use package sievetest but as they do not follow Rosin Rammler distribution the results were unsatisfactory. Therefore I wanted to try fit lognormal for which Peter gave me answer.

Thanks.
Petr

> -----Original Message-----
> From: Jeff Newmiller [mailto:[hidden email]]
> Sent: Monday, July 10, 2017 9:55 PM
> To: [hidden email]; PIKAL Petr <[hidden email]>; r-help@r-
> project.org
> Subject: Re: [R] fit lognorm to cdf data
>
> * fitdistr?
>
> * it seems unusual (to me) to fit directly to the data with lognormal... fitting a
> normal to the log of the data seems more in keeping with the assumptions
> associated with that distribution.
> --
> Sent from my phone. Please excuse my brevity.
>
> On July 10, 2017 7:27:47 AM PDT, PIKAL Petr <[hidden email]> wrote:
> >Dear all
> >
> >I am struggling to fit data which form something like CDF by lognorm.
> >
> >Here are my data:
> >
> >proc <- c(0.9, 0.84, 0.5, 0.16, 0.1)
> >size <- c(0.144, 0.172, 0.272, 0.481, 0.583) plot(size, proc,
> >xlim=c(0,1), ylim=c(0,1)) fit<-nls(proc~SSfpl(size, 1, 0, xmid, scal),
> >start=list(xmid=0.2,
> >scal=.1))
> >lines(seq(0,1,.01), predict(fit,
> >newdata=data.frame(sito=seq(0,1,.01))), col=2)
> >
> >I tried to fit with SSfpl, which is let say close but probably not
> >enough. I tried to find how to fit lognorm CDF to my data but did not
> >find an easy solution.
> >
> >Before I start to invent wheel I ask for some hints. I thought about
> >using optim together with plnorm or to feed nls with lognorm function
> >but maybe somebody already solved such task.
> >
> >Best regards
> >Petr
> >
> >________________________________

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.
______________________________________________
[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Threaded
Open this post in threaded view
|  
Report Content as Inappropriate

Re: fit lognorm to cdf data

Peter Dalgaard-2
In reply to this post by PIKAL Petr
You can have any expression on the RHS, and list the parameters to optimize over in start=. The only reason to restrict to SSfpl and friends is that they are SelfStarting, i.e., they contain methods to compute reasonable starting values, but you were giving start= anyway.

- pd

> On 11 Jul 2017, at 07:16 , PIKAL Petr <[hidden email]> wrote:
>
> Hi
>
> Great. I did not think that such combination is posssible.
>
> Thanks.
> Petr
>
>> -----Original Message-----
>> From: peter dalgaard [mailto:[hidden email]]
>> Sent: Tuesday, July 11, 2017 1:11 AM
>> To: PIKAL Petr <[hidden email]>
>> Cc: [hidden email]
>> Subject: Re: [R] fit lognorm to cdf data
>>
>> How about
>>
>> proc <- c(0.9, 0.84, 0.5, 0.16, 0.1)
>> size <- c(0.144, 0.172, 0.272, 0.481, 0.583)
>> plot(size, proc, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1))
>> fit<-nls(proc~plnorm(size, log(xmid), sdlog, lower=FALSE), start=list(xmid=0.2,
>> sdlog=.1))
>> summary(fit)
>> lines(fitted(fit)~size)
>>
>> -pd
>>
>>> On 10 Jul 2017, at 16:27 , PIKAL Petr <[hidden email]> wrote:
>>>
>>> Dear all
>>>
>>> I am struggling to fit data which form something like CDF by lognorm.
>>>
>>> Here are my data:
>>>
>>> proc <- c(0.9, 0.84, 0.5, 0.16, 0.1)
>>> size <- c(0.144, 0.172, 0.272, 0.481, 0.583)
>>> plot(size, proc, xlim=c(0,1), ylim=c(0,1))
>>> fit<-nls(proc~SSfpl(size, 1, 0, xmid, scal), start=list(xmid=0.2, scal=.1))
>>> lines(seq(0,1,.01), predict(fit, newdata=data.frame(sito=seq(0,1,.01))), col=2)
>>>
>>> I tried to fit with SSfpl, which is let say close but probably not enough. I tried
>> to find how to fit lognorm CDF to my data but did not find an easy solution.
>>>
>>> Before I start to invent wheel I ask for some hints. I thought about using
>> optim together with plnorm or to feed nls with lognorm function but maybe
>> somebody already solved such task.
>>>
>>> Best regards
>>> Petr
>>>
>>> ________________________________
>>> Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou
>> určeny pouze jeho adresátům.
>>> Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně
>> jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze
>> svého systému.
>>> Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email
>> jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
>>> Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi
>> či zpožděním přenosu e-mailu.
>>>
>>> V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
>>> - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a
>> to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
>>> - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout;
>> Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s
>> dodatkem či odchylkou.
>>> - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným
>> dosažením shody na všech jejích náležitostech.
>>> - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost
>> žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo
>> písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto
>> emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich
>> existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.
>>>
>>> This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are
>> intended only for its intended recipients.
>>> If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender.
>> Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your
>> system.
>>> If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to
>> use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
>>> The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused
>> by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.
>>>
>>> In case that this e-mail forms part of business dealings:
>>> - the sender reserves the right to end negotiations about entering into a
>> contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
>>> - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately
>> accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of
>> the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
>>> - the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an
>> express mutual agreement on all its aspects.
>>> - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into
>> any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is
>> expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of
>> attorney is submitted to the recipient or the person represented by the
>> recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the
>> person represented by the recipient.
>>> ______________________________________________
>>> [hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
>>> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-
>> guide.html
>>> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>>
>> --
>> Peter Dalgaard, Professor,
>> Center for Statistics, Copenhagen Business School
>> Solbjerg Plads 3, 2000 Frederiksberg, Denmark
>> Phone: (+45)38153501
>> Office: A 4.23
>> Email: [hidden email]  Priv: [hidden email]
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>
>
> ________________________________
> Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
> Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
> Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
> Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.
>
> V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
> - vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
> - a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
> - trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
> - odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.
>
> This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
> If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
> If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
> The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.
>
> In case that this e-mail forms part of business dealings:
> - the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
> - if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
> - the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
> - the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.

--
Peter Dalgaard, Professor,
Center for Statistics, Copenhagen Business School
Solbjerg Plads 3, 2000 Frederiksberg, Denmark
Phone: (+45)38153501
Office: A 4.23
Email: [hidden email]  Priv: [hidden email]

______________________________________________
[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Loading...