R CMD check report error not finding function

classic Classic list List threaded Threaded
3 messages Options
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

R CMD check report error not finding function

Ruben
Dear R-help listers,

I am creating a package for a friend using his scripts and I run into a
problem when doing the check.

Inside a macro created with gtools::defmacro(par1, expr= ... there is a
call to stats::optim and the function for the optimization is called
.foo(), which is listed as one of the functions to be included in the
package, not to be documented, using package.skeleton. R CMD check
reports that it cannot find .foo(). This runs OK as a script but not as
a package. I believe it has to do with namespaces. The NAMESPACE file is
just this:

exportPattern("^[[:alpha:]]+")
importFrom("stats", "optim")
import(gtools)
importFrom("gtools", "defmacro")

Any help would be greatly appreciated

Ruben

--
Ruben H. Roa-Ureta, Ph. D.
Consultant, ORCID ID 0000-0002-9620-5224
Center for Environment and Water, Research Institute,
King Fahd University of Petroleum and Minerals,
KFUPM Box 1927, Dhahran 31261, Saudi Arabia
Office Phone : 966-3-860-7850
Cellular Phone : 966-540026401

إن المعلومات الواردة في هذا البريد الإلكتروني ومرفقاته (إن وجدت)، قد تكون خاصة أو سرية؛ فإذا لم تكن المقصود بهذه الرسالة؛ فيُرجى منك حذفها ومرفقاتها من نظامك وإخطار المرسل بخطأ وصولها إليك فورا. كما لا يجوز نسخ أي جزء منها أو مرفقاتها ، أو الإفصاح عن محتوياتها لأي شخص أو استعمالها لأي غرض آخر. إن جامعة الملك فهد للبترول والمعادن لا تتحمل مسؤولية التغييرات التي يتم إجراؤها على هذه الرسالة بعد إرسالها. وإن البيانات أو الآراء المعبر عنها في هذا البريد، هي بيانات تخص مُرسلها، ولا تعكس بالضرورة رأي وبيانات الجامعة. كما لا تتحمل الجامعة مسؤولية أي تأثير ينتج عن هذه الرسالة أوعن أي فيروس قد تحمله.

DISCLAIMER: The information in this email and its attach...{{dropped:11}}

______________________________________________
[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: R CMD check report error not finding function

Michael Dewey-3
Dear Ruben

I do not think your export pattern matches .foo so that may be the problem.

Michael

On 05/03/2020 09:10, Ruben wrote:

> Dear R-help listers,
>
> I am creating a package for a friend using his scripts and I run into a
> problem when doing the check.
>
> Inside a macro created with gtools::defmacro(par1, expr= ... there is a
> call to stats::optim and the function for the optimization is called
> .foo(), which is listed as one of the functions to be included in the
> package, not to be documented, using package.skeleton. R CMD check
> reports that it cannot find .foo(). This runs OK as a script but not as
> a package. I believe it has to do with namespaces. The NAMESPACE file is
> just this:
>
> exportPattern("^[[:alpha:]]+")
> importFrom("stats", "optim")
> import(gtools)
> importFrom("gtools", "defmacro")
>
> Any help would be greatly appreciated
>
> Ruben
>
> --
> Ruben H. Roa-Ureta, Ph. D.
> Consultant, ORCID ID 0000-0002-9620-5224
> Center for Environment and Water, Research Institute,
> King Fahd University of Petroleum and Minerals,
> KFUPM Box 1927, Dhahran 31261, Saudi Arabia
> Office Phone : 966-3-860-7850
> Cellular Phone : 966-540026401
>
> إن المعلومات الواردة في هذا البريد الإلكتروني ومرفقاته (إن وجدت)، قد
> تكون خاصة أو سرية؛ فإذا لم تكن المقصود بهذه الرسالة؛ فيُرجى منك حذفها
> ومرفقاتها من نظامك وإخطار المرسل بخطأ وصولها إليك فورا. كما لا يجوز نسخ
> أي جزء منها أو مرفقاتها ، أو الإفصاح عن محتوياتها لأي شخص أو استعمالها
> لأي غرض آخر. إن جامعة الملك فهد للبترول والمعادن لا تتحمل مسؤولية
> التغييرات التي يتم إجراؤها على هذه الرسالة بعد إرسالها. وإن البيانات أو
> الآراء المعبر عنها في هذا البريد، هي بيانات تخص مُرسلها، ولا تعكس
> بالضرورة رأي وبيانات الجامعة. كما لا تتحمل الجامعة مسؤولية أي تأثير ينتج
> عن هذه الرسالة أوعن أي فيروس قد تحمله.
>
> DISCLAIMER: The information in this email and its attach...{{dropped:11}}
>
> ______________________________________________
> [hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide
> http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>

--
Michael
http://www.dewey.myzen.co.uk/home.html

______________________________________________
[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
Reply | Threaded
Open this post in threaded view
|

Re: R CMD check report error not finding function

Bert Gunter-2
In reply to this post by Ruben
... but this is the wrong  list for such questions.
Post on r-package-devel if you need further help.

Bert Gunter

"The trouble with having an open mind is that people keep coming along and
sticking things into it."
-- Opus (aka Berkeley Breathed in his "Bloom County" comic strip )


On Thu, Mar 5, 2020 at 1:15 AM Ruben <[hidden email]> wrote:

> Dear R-help listers,
>
> I am creating a package for a friend using his scripts and I run into a
> problem when doing the check.
>
> Inside a macro created with gtools::defmacro(par1, expr= ... there is a
> call to stats::optim and the function for the optimization is called
> .foo(), which is listed as one of the functions to be included in the
> package, not to be documented, using package.skeleton. R CMD check
> reports that it cannot find .foo(). This runs OK as a script but not as
> a package. I believe it has to do with namespaces. The NAMESPACE file is
> just this:
>
> exportPattern("^[[:alpha:]]+")
> importFrom("stats", "optim")
> import(gtools)
> importFrom("gtools", "defmacro")
>
> Any help would be greatly appreciated
>
> Ruben
>
> --
> Ruben H. Roa-Ureta, Ph. D.
> Consultant, ORCID ID 0000-0002-9620-5224
> Center for Environment and Water, Research Institute,
> King Fahd University of Petroleum and Minerals,
> KFUPM Box 1927, Dhahran 31261, Saudi Arabia
> Office Phone : 966-3-860-7850
> Cellular Phone : 966-540026401
>
> إن المعلومات الواردة في هذا البريد الإلكتروني ومرفقاته (إن وجدت)، قد تكون
> خاصة أو سرية؛ فإذا لم تكن المقصود بهذه الرسالة؛ فيُرجى منك حذفها ومرفقاتها
> من نظامك وإخطار المرسل بخطأ وصولها إليك فورا. كما لا يجوز نسخ أي جزء منها
> أو مرفقاتها ، أو الإفصاح عن محتوياتها لأي شخص أو استعمالها لأي غرض آخر. إن
> جامعة الملك فهد للبترول والمعادن لا تتحمل مسؤولية التغييرات التي يتم
> إجراؤها على هذه الرسالة بعد إرسالها. وإن البيانات أو الآراء المعبر عنها في
> هذا البريد، هي بيانات تخص مُرسلها، ولا تعكس بالضرورة رأي وبيانات الجامعة.
> كما لا تتحمل الجامعة مسؤولية أي تأثير ينتج عن هذه الرسالة أوعن أي فيروس قد
> تحمله.
>
> DISCLAIMER: The information in this email and its attach...{{dropped:11}}
>
> ______________________________________________
> [hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide
> http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>

        [[alternative HTML version deleted]]

______________________________________________
[hidden email] mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.