R commander (Rcmdr) won't start

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R commander (Rcmdr) won't start

ulliani
Hallo
I've been using R and R commander (Rcmdr) for some years, never had
problems. I'm on Xubuntu 16.04. Yesterday I updated R from 3.4.4 to 3.6.1
and all sorts of problems occurred. Firstly I completely removed R from my
system, including old directories (with some hiccups, I must admit). Then I
installed R and R-dev without issues. Had some issues installing Rcmdr, but
in the end I met all the requirements and installed all the requested
packages, including rgl and a few others that were requested upon first
launching Rcmdr. After that, no more error messages. However, whenever I
launch R commander I get these lines, which don't mention any problem, but
the GUI won't launch.


> library(Rcmdr)
Carico il pacchetto richiesto: splines
Carico il pacchetto richiesto: RcmdrMisc
Carico il pacchetto richiesto: car
Carico il pacchetto richiesto: carData
Carico il pacchetto richiesto: sandwich
Carico il pacchetto richiesto: effects
Registered S3 methods overwritten by 'lme4':
  method                          from
  cooks.distance.influence.merMod car
  influence.merMod                car
  dfbeta.influence.merMod         car
  dfbetas.influence.merMod        car
lattice theme set by effectsTheme()
See ?effectsTheme for details.


After seeing, if I type library(Rcmdr) again, nothing happens.
I  installed Hmisc, leaps and aplpack, as these were indicated as possible
solutions, but to no avail.

This is the output of sys.info and sessionInfo


> Sys.info()
                                       sysname
                                       "Linux"
                                       release
                           "4.4.0-170-generic"
                                       version
"#199-Ubuntu SMP Thu Nov 14 01:45:04 UTC 2019"
                                      nodename
                                    "me-HP430"
                                       machine
                                      "x86_64"
                                         login
                                          "me"
                                          user
                                          "me"
                                effective_user
                                          "me"

> sessionInfo()
R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.6 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/libblas/libblas.so.3.6.0
LAPACK: /usr/lib/lapack/liblapack.so.3.6.0

Random number generation:
 RNG:     Mersenne-Twister
 Normal:  Inversion
 Sample:  Rounding

locale:
 [1] LC_CTYPE=it_IT.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=it_IT.UTF-8        LC_COLLATE=it_IT.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=it_IT.UTF-8    LC_MESSAGES=it_IT.UTF-8
 [7] LC_PAPER=it_IT.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=it_IT.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods
[8] base

other attached packages:
[1] effects_4.1-4   RcmdrMisc_2.5-1 sandwich_2.5-1  car_3.0-5
[5] carData_3.0-3

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.3          lattice_0.20-38     tcltk2_1.2-11
 [4] class_7.3-15        zoo_1.8-6           relimp_1.0-5
 [7] zeallot_0.1.0       digest_0.6.23       R6_2.4.1
[10] cellranger_1.1.0    backports_1.1.5     acepack_1.4.1
[13] survey_3.36         e1071_1.7-3         ggplot2_3.2.1
[16] pillar_1.4.2        rlang_0.4.2         lazyeval_0.2.2
[19] curl_4.3            readxl_1.3.1        minqa_1.2.4
[22] rstudioapi_0.10     data.table_1.12.6   nloptr_1.2.1
[25] rpart_4.1-15        Matrix_1.2-18       checkmate_1.9.4
[28] lme4_1.1-21         stringr_1.4.0       foreign_0.8-72
[31] htmlwidgets_1.5.1   munsell_0.5.0       compiler_3.6.1
[34] xfun_0.11           pkgconfig_2.0.3     base64enc_0.1-3
[37] mitools_2.4         htmltools_0.4.0     tcltk_3.6.1
[40] nnet_7.3-12         tibble_2.1.3        gridExtra_2.3
[43] htmlTable_1.13.3    Hmisc_4.3-0         rio_0.5.16
[46] Rcmdr_2.6-1         crayon_1.3.4        MASS_7.3-51.4
[49] grid_3.6.1          DBI_1.0.0           nlme_3.1-142
[52] gtable_0.3.0        lifecycle_0.1.0     magrittr_1.5
[55] scales_1.1.0        zip_2.0.4           stringi_1.4.3
[58] latticeExtra_0.6-28 vctrs_0.2.0         boot_1.3-23
[61] openxlsx_4.1.3      nortest_1.0-4       Formula_1.2-3
[64] RColorBrewer_1.1-2  tools_3.6.1         forcats_0.4.0
[67] hms_0.5.2           abind_1.4-5         survival_3.1-8
[70] colorspace_1.4-1    cluster_2.1.0       knitr_1.26
[73] haven_2.2.0

This is the list of installed packages:

Package    Version
          aplpack      1.3.3
            Hmisc      4.3-0
            leaps        3.0
            Rcmdr      2.6-1
            abind      1.4-5
          acepack      1.4.1
          aplpack      1.3.3
              arm     1.10-1
       assertthat      0.2.1
        backports      1.1.5
        base64enc      0.1-3
               BH   1.69.0-1
            callr      3.3.2
              car      3.0-5
          carData      3.0-3
       cellranger      1.1.0
        checkmate      1.9.4
              cli      1.1.0
            clipr      0.7.0
             coda     0.19-3
       colorspace      1.4-1
           crayon      1.3.4
        crosstalk      1.0.0
             curl        4.3
       data.table     1.12.6
              DBI      1.0.0
           digest     0.6.23
            e1071      1.7-3
          effects      4.1-4
         ellipsis      0.3.0
     estimability        1.3
         evaluate       0.14
            fansi      0.4.0
           farver      2.0.1
          fastmap      1.0.1
          forcats      0.4.0
          Formula      1.2-3
          ggplot2      3.2.1
             glue      1.3.1
        gridExtra        2.3
           gtable      0.3.0
            haven      2.2.0
            highr        0.8
            Hmisc      4.3-0
              hms      0.5.2
        htmlTable     1.13.3
        htmltools      0.4.0
      htmlwidgets      1.5.1
           httpuv      1.5.2
         jsonlite        1.6
            knitr       1.26
         labeling        0.3
            later      1.0.0
     latticeExtra     0.6-28
         lazyeval      0.2.2
            leaps        3.0
        lifecycle      0.1.0
             lme4     1.1-21
           lmtest     0.9-37
         magrittr        1.5
 manipulateWidget     0.10.0
         maptools      0.9-9
         markdown        1.1
       matrixcalc      1.0-3
     MatrixModels      0.4-1
               mi        1.0
             mime        0.7
           miniUI    0.1.1.1
            minqa      1.2.4
          mitools        2.4
         multcomp     1.4-10
          munsell      0.5.0
          mvtnorm     1.0-11
           nloptr      1.2.1
          nortest      1.0-4
         numDeriv 2016.8-1.1
         openxlsx      4.1.3
         pbkrtest      0.4-7
           pillar      1.4.2
        pkgconfig      2.0.3
             plyr      1.8.4
      prettyunits      1.0.2
         processx      3.4.1
         progress      1.2.2
         promises      1.1.0
               ps      1.3.0
            purrr      0.3.3
         quantreg       5.52
               R6      2.4.1
            Rcmdr      2.6-1
        RcmdrMisc      2.5-1
     RColorBrewer      1.1-2
             Rcpp      1.0.3
        RcppEigen  0.3.3.7.0
            readr      1.3.1
      readstata13      0.9.2
           readxl      1.3.1
           relimp      1.0-5
          rematch      1.0.1
         reshape2      1.4.3
              rgl   0.100.30
              rio     0.5.16
            rlang      0.4.2
        rmarkdown       1.18
       rstudioapi       0.10
         sandwich      2.5-1
           scales      1.1.0
              sem      3.1-9
            shiny      1.4.0
      sourcetools      0.1.7
               sp      1.3-2
          SparseM       1.77
          stringi      1.4.3
          stringr      1.4.0
           survey       3.36
           tcltk2     1.2-11
          TH.data     1.0-10
           tibble      2.1.3
       tidyselect      0.2.5
          tinytex       0.17
             utf8      1.1.4
            vctrs      0.2.0
          viridis      0.5.1
      viridisLite      0.3.0
          webshot      0.5.2
            withr      2.1.2
             xfun       0.11
           xtable      1.8-4
             yaml      2.2.0
          zeallot      0.1.0
              zip      2.0.4
              zoo      1.8-6

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